植物细胞器基因组：组装工具与演化研究
专题介绍
细胞器基因组的复杂结构，怎样被可靠组装并用于演化研究？四场报告从HiMT和PlastidHub工具出发，连接拟南芥群体变异与小麦核质协同响应，讨论从技术流程到生物学解释的关键环节。
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HiMT：低成本高效率植物细胞器基因组组装和评估软件
中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所 · 副研究员
任职于中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所，主要开展热带作物功能基因组研究，从事菠萝高效育种工作。先后主持国家自然科学基金、省重点研发项目（子课题）等多项。研发系列国产生物软件（TBtools、GSAman、sRNAminer）以第一或通讯作者在Molecular Plant、Plant Communications、Genome Biology、New Phytologist等知名学术期刊发表论文10余篇（多篇为封面论文/热点论文/高被引论文），总被引>1.5万次，入选“中国高被引学者”榜单。
植物细胞器基因组（尤其是线粒体）因重复序列密集、重组活跃，长期面临组装难度大、效率低的技术瓶颈，严重制约其在基础研究与生物育种中的应用潜力。针对这一挑战，我们开发了HiMT软件（High-fidelity data-based Mitochondrial genome assembly Toolkit），聚焦解决细胞器基因组组装的核心痛点。技术层面，通过代码重构与算法优化，HiMT实现了跨平台兼容性与即用性——无需复杂配置，低计算资源即可运行，默认参数下一键完成叶绿体/线粒体基因组高精度组装；功能设计上，首次提供组装结果交互式分析报告，填补了现有工具在组装质量评估环节的空白；同时开放数据过滤、多工具结果比对等扩展接口，支持与主流生信流程灵活整合；并深度适配TBtools-II插件生态，提供可视化操作界面，助力零基础用户快速上手。作为当前细胞器基因组组装领域的重要补充，HiMT有效弥补了现有工具在易用性、功能完整性与跨平台适配性上的不足，可为大规模植物群体基因组研究中细胞器部分的规模化解析提供高效工具支撑。
已选择第 1 场：HiMT：低成本高效率植物细胞器基因组组装和评估软件，陈程杰
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