录屏、比对与集群报错：科研工具问答（2019年第1期）

本文为2019年社区讨论存档，保留发言人的原有观点；工具推荐和故障判断需要结合具体版本、数据与集群配置验证。

截屏创建软件操作流程视频的工具

问题

祁新帅BHB：请问各位大神，截屏创建短视频的免费工具哪个比较好用？如果要创建软件操作流程的话？

回答

戚铭盛-DDPSC：电脑上的话截屏很容易，把图片用moviemaker连在一起就可以做短视频。手机的话得借用app这种的话更多的是录屏。汪捷JGI：如果是Mac系统，可以试试Kap，开源的录视频软件。

查看大型系统发生树的工具

问题

周文彬_ncsu：求问有什么的看树软件可以很方便查看一个big tree吗？Figtree好像不是特别适用。

回答

邹枨-Cornell & 宋宝兴-Cornell： iTOL余光创_HKU_bioinfo & 沈星星@VanderbiltU： HMMER孙苗UFO：dendroscope沈星星@VanderbiltU：www.treedex.org

可用于物种间基因比对的软件

问题

曹喆：请问compare genes across species大家一般都用什么软件？

回答

祁新帅BHB：orthofinder然后aligment。

如何使用DNA序列作为输入序列寻找直系同源基因

问题

宋宝兴-Cornell： 请问我想使用DNA序列作为输入寻找orthologs，但是发现OrthoMCL等很多软件都是使用蛋白序列作为输入的。大家有什么推荐的解决方案或者软件吗？我想直接使用dna比对，因为三代数据拼接错误率高，翻译成蛋白会引入更多的错误。

回答

区树俊 ISU：强行翻译？王乐-UCD：自己做对比文件。

关于做BWA alignment的问题

问题

沈星星@VanderbiltU：请问做BWA alignment , 同一个library, 很多fastq files, 怎么放在一起比对，输出一个bam。我知道bowtie支持多文件，bwa似乎需要zcat一起？

回答

赵海楠+MSU：

bwa mem ref.fa <(gzip -dc lane1_r1.fq.gz lane2_r1.fq.gz) <(gzip -dc lane1_r2.fq.gz lane2_r2.fq.gz) > out.sam

如果是未压缩文件：

bwa mem ref.fa <(cat lane1_r1.fq lane2_r1.fq) <(cat lane1_r2.fq lane2_r2.fq) > out.sam

王乐-UCD：bam文件merge也行。

Mac系统好用的代码编辑器

问题

沈星星@VanderbiltU：Mac系统比较好的免费code editor有哪个？我用的TextWrangler每次修改后保存都报警说：The file appears to have been modified, …saving this document may cause data loss。

回答

杨金良-UNL：推荐Atom。刘三震-KSU：偶尔用vi editor。苗晨勇-UNL：同样推荐VS code。Atom也很好。

集群运算出错的解决

QuestionQiushi：有没有使用集群计算的小朋友 对srun: error: slurm_receive_msgs: Socket timed out on send/recv operation这个错误有什么解决办法？谢谢

回答

区树俊 ISU：一般是集群有点饱了，过两天就好了。或者你squeue看看，有时候报错但也提交成功了。

QuestionQiushi：谢谢～squeue显示job都被杀了 我正在跟网管联系，我感觉这个是系统设置的时间。是不是属于我无能为力的范畴？

回答

区树俊 ISU：说明任务提交上去了，只是job里资源申请不对，被slurm杀掉了，你看看集群的硬件配置和对job对要求，修改下参数再投。