SpatialVista 三维空间细胞探索生态:左侧为分类注释、连续属性与二维切片联动等可视化功能,右侧为区域选择、轴向查询与邻域汇总等分析功能,底部为在线画廊、桌面应用与 Notebook 组件三种使用方式

CGM第607期:SpatialVista:三维空间组学数据的交互式可视化与探索

2026年9月10日CGM10y💻 腾讯会议🆔 Meeting ID: 477-3902-0032
多切片、多组织的三维空间组学数据越来越多,但从二维切片浏览走向连续三维组织空间的探索仍缺少顺手的工具。报告介绍面向百万级空间点的交互式可视化平台 SpatialVista,以及它如何与现有单细胞和空间组学分析流程衔接。
魏文杰
魏文杰

西湖大学生命科学学院 · 博士生

本科与硕士阶段就读于华中农业大学,现于西湖大学生命科学学院攻读博士学位。

随着空间转录组学技术的发展,多切片、多组织及三维空间组学数据不断涌现,如何高效地重建、探索和理解复杂的三维组织结构,正成为空间组学分析中的重要问题。本次报告将介绍我们开发的三维空间组学交互式可视化平台 SpatialVista。该平台面向大规模空间组学数据,支持百万级空间点的高效三维渲染,并提供三维区域选择、空间轴向查询、局部邻域分析等交互式功能,使研究者能够从传统二维切片浏览进一步拓展到连续三维组织空间中的探索与比较。

SpatialVista 采用跨平台设计,可在不同操作系统和计算环境中使用,并能够与现有的单细胞及空间组学分析工作流灵活衔接。研究者无需改变已有的数据处理和分析流程,即可将分析结果进一步导入三维环境中进行交互式探索,从而将计算分析、空间结构观察与结果展示有机结合。结合多个真实空间组学数据集,我将展示 SpatialVista 在空间结构识别、细胞组成解析和基因表达模式探索中的应用,并讨论三维可视化如何进一步拓展空间组学数据的分析维度。最后,也将分享我们在构建开放、易用且可与现有生物信息学生态整合的三维空间组学工具方面的一些思考。

SpatialVista 三维空间细胞探索生态:左侧为分类注释、连续属性与二维切片联动等可视化功能,右侧为区域选择、轴向查询与邻域汇总等分析功能,底部为在线画廊、桌面应用与 Notebook 组件三种使用方式

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参考文献

  1. Wenjie Wei, Lounan Li, Liyang Song, Wenhao Chen, Kai Wang, Minmin Guo, Jian Yang. SpatialVista as a unified ecosystem for high-performance visualization and exploration of 3D spatial transcriptomics data. Nature Genetics. 2026;58(9):2063-2065. DOI: 10.1038/s41588-026-02696-7

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