拟南芥着丝粒突变、重复结构与模拟比较

CGM第528期:拟南芥着丝粒突变动态

微小突变怎样塑造百万碱基的着丝粒结构?本期研究六株拟南芥突变积累系,结合突变率比较与模拟,讨论点突变、基因转换和高级重复结构。
董笑
董笑

德国马克斯普朗克植物育种研究所 · 博士研究生

2013年本科毕业于浙江大学,专业为应用生物科学。2013年至2015年在荷兰瓦赫宁根大学攻读硕士学位,专业方向为植物育种与遗传资源。硕士毕业后,曾在华大农业和云南纳博生物科技公司从事生物信息学分析工作。自2021年起,加入德国马普植物育种研究所 Korbinian Schneeberger 课题组,攻读博士学位,主要研究拟南芥基因组及其突变模式。 现为德国马普植物育种研究所Korbinian Schneeberger课题组的在读博士,研究方向为拟南芥基因组及其突变模式。以第一作者或共同第一作者身份在 Science、Molecular Plant、Molecular Ecology Resources 等期刊发表论文。

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着丝粒是染色体上一个重要的区域。在细胞分裂时,它对姐妹染色单体的结合以及纺锤体的附着起着关键作用。大部分物种的着丝粒由百万碱基、多态性很高的卫星DNA序列组成,但着丝粒序列变化的突变类型和频率一直未明。

在这项研究中,我们基于六株拟南芥突变积累系的基因组组装,发现着丝粒中的突变几乎全部是点突变和一些保持着丝粒原有重复结构的插入/缺失突变(indels),这些插入/缺失通常只跨越几百到几千个碱基。我们还发现,着丝粒中的点突变频率比染色体臂上的高出了9倍(每代每个碱基的突变率为 6.1×10⁻⁸),而且这些点突变很可能是通过非等位基因转换从附近的重复序列引入的。

基于观察到的突变情况,我们进行了模拟计算,重现了百万碱基规模的高级重复结构(HOR)的形成过程。这些模拟显示,即使没有大规模的序列重排,也可以出现和自然基因组中类似的着丝粒结构。

这项研究表明,着丝粒的进化是由一种独特的突变模式驱动的,能帮助我们理解小规模突变(Kb级)是如何塑造并维持着丝粒DNA的(Mb级别)大规模结构的。

参考文献

  1. Dong, X., Jiao, W.-B., Campoy, J. A., Rabanal, F. A., Ton, J., Smith, L. M., Weigel, D., Schneeberger, K. The mutational dynamics of the Arabidopsis centromeres. bioRxiv. 2025. DOI: 10.1101/2025.06.02.657473

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