CGM第444期：精准基因组层级软件的开发
基因组层级的分析软件如何做到精准？报告介绍 GFAP、CIDP 等软件的开发思路。
随着植物研究的不断深入及测序技术的不断发展，越来越多的植物物种纳入了现今的研究体系中。不同物种，乃至是同一物种的不同品种间存在着较为明显的表型及遗传物质的差异。这种差异决定了我们的分析工具应该具有更强的针对性。因而，我们应对目前的工具进行进一步的功能细化及革新以适应学科发展的需要。在充分了解现有程序（主要集中在基因功能注释及sgRNA设计方面）优、缺点的基础上，课题组连续开发了GFAP以及CIDP，它们分别为研究人员提供切实、可用的基因功能注释及sgRNA设计工具，不再要求用户选择模板及参考物种而直接对本物种基因进行分析是这两款软件最主要的创新点。
参考文献
- Xu Dong, Yang Yingxue, Gong Desheng, Chen Xiaojian, Jin Kangming, Jiang Heling, Yu Wenjuan, Li Jihong, Zhang Jin, Pan Weihua. GFAP: ultrafast and accurate gene functional annotation software for plants. Plant Physiology. 2023;193(3):1745-1748. DOI: 10.1093/plphys/kiad393
- Xu Dong, Zhang Jin, Zhao Xianjia, Hou Yuze, Jiang Heling, He Wenchuang, Ma Xiongfeng, Pan Weihua. CIDP: a multi-functional platform for designing CRISPR sgRNAs. Horticulture Research. 2023;10(7):uhad092. DOI: 10.1093/hr/uhad092
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