CGM第419期：普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）无间隙基因组组装及优异基因发掘
普通野生稻的无间隙基因组能带来什么？报告介绍其组装及基于染色体片段置换系的优异基因发掘。
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在 Bilibili 打开完整回放 ↗普通野生稻（Oryza rufipogon Griff.）作为亚洲栽培稻（Oryza sativa L.）的野生近缘种，蕴藏着众多特有的优异基因，是水稻品种改良重要的基因库。本研究以一份综合抗性良好的普通野生稻Y476为研究材料，对其进行了无间隙基因组组装，并以该野生稻为供体亲本，日本晴和9311分别为受体亲本，构建了不同背景的染色体片段置换系（CSSL）。从而建立了“参考基因组+永久性遗传群体”的野生稻基因发掘平台。同时利用日本晴为背景的置换系群体定位到与多个农艺性状及耐盐性相关的QTLs，并鉴定到一个与稻瘟病抗性相关的类受体激酶基因。为野生稻基因组的深入研究及优异基因发掘奠定了基础。
参考文献
- Huang Jingfen, Zhang Yilin, Li Yapeng, Xing Meng, Lei Cailin, Wang Shizhuang, Nie Yamin, Wang Yanyan, Zhao Mingchao, Han Zhenyun, Sun Xianjun, Zhou Han, Wang Yan, Zheng Xiaoming, Xiao Xiaorong, Fan Weiya, Liu Ziran, Guo Wenlong, Zhang Lifang, Cheng Yunlian, Qian Qian, He Hang, Yang Qingwen, Qiao Weihua. Haplotype-resolved gapless genome and chromosome segment substitution lines facilitate gene identification in wild rice. Nature Communications. 2024;15(1):4573. DOI: 10.1038/s41467-024-48845-6
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