CGM 第38期：在进化生物学的框架下利用深度学习预测基因表达

深度学习已经给无数的领域带来了深刻的变革，在分子生物学和基因组学中也同样具有广阔的应用前景。但是，由于基因之间以及物种之间存在进化关系，使得生物学中深度学习模型的建立和训练具有一定的特殊性。如果把其他学科的深度学习模型照搬到生物学领域，可能会造成不准确甚至错误的结论。因此，我们提出两种训练深度学习模型的方式：（1）根据基因家族将数据分为训练集和测试集。（2）利用直系同源基因训练模型。我们用这两种方式训练深度学习模型，根据基因的DNA序列预测转录本的丰度。此外，我们利用显著图解析深度学习模型做出预测的依据和模式。