CGM 第31期：内共生菌与微生物组的系统发育鉴定

尽管“操作分类单元”OTU(Operational Taxonomic Units)的弊端众所周知，它却仍然作为微生物分子鉴定，多样性和生态研究的基础单元，被大家普遍应用。OTU的厘定基于遗传距离，一般以3%为界限。当下的多款微生物组（群）microbiome软件，譬如QIIME和MOTHUR，均以计算和分析OTU为主要任务。

本次讲座中，张冠阳将介绍如何应用系统发育学的思路和方法对二代测序数据NGS data进行分类鉴别。他以象鼻虫的微生物组为研究对象，扩增了16s基因并且用Illumina 进行了测序。他的数据分析表明常用的OTU办法不能有效地发现和鉴别共生菌。多达44%的序列无法鉴定到“属”的分类介元，共生菌也鲜有发现。反而，他用系统发育办法厘定了44个谱系的共生菌，其中包括不少潜在的新物种。

张冠阳的研究表明，微生物的研究亟待转向以系统发育为基础和指导思想。微生物研究者应及早放弃OTU这一个概念和相对应的分析办法，并且对微生物鉴定描述和命名给予更多的关注，才能取得实质性和长期的科学进展。