CGM 第154期:单细胞RNA组原位测序技术
聚焦单细胞 RNA 原位测序如何在保留空间位置的同时读取转录信息,帮助理解细胞类型、组织结构与基因表达之间的关系。
千晓雁
原位测序与空间转录组数据分析研究者,乌普萨拉大学博士,曾参与创办 Cartana AB,后任 10x Genomics 高级计算生物学家。
介绍原位测序技术,以及其与目前获得广泛应用的单细胞测序如何互补,将位于组织中的不同细胞进行细胞类型及亚型归类。 近年来,单细胞测序获得广泛应用,用于利用细胞信息更深入地理解复杂生物体。但是单细胞技术要求单个细胞的分离,于是丢失了细胞原来所在位置信息。相反,原位测序在组织原位上对RNA分子进行分析,能保有原来的位置信息。此次演讲将着重于我们如何利用单细胞测序数据获得与细胞类型紧密相关的 RNA分子标记,利用原位测序检测上述分子标记于组织中的分布,并利用新型分析方法将位于组织中的细胞归类为已知细胞类型及亚型。演讲中也会提到其他 Cartana曾参与的项目中,如何采用不同的分析方法可以最大化利用单细胞以及原位测序。
参考文献
Qian, X., Harris, K.D., Hauling, T. et al. Probabilistic cell typing enables fine mapping of closely related cell types in situ. Nat Methods 17, 101–106 (2020).
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