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CGM 第120期：系统发育树的数据整合与可视化

2020年10月30日CGMonline
#生物信息学#系统发育学#数据可视化
如何把物种关系与相关数据放在同一张图中理解？报告介绍一组 R 工具，贯通系统发育树的文件读写、数据整合、操作和可视化。
余光创

2017年毕业于香港大学李嘉诚医学院。2018由南方医科大学第三层次人才引进（教授，博导），2019年起任南方医科大学基础医学院生物信息学系副主任（主持工作），以第一作者或通讯作者发表SCI论文20余篇，主要工作发表在Molecular Biology and Evolution, Methods in Ecology and Evolution和Bioinformatics上，其中6篇为ESI高被引论文，被引用7千余次（google scholar数据）。

树结构不易操作，且有大量的相关数据需要整合，以便于在系统发育的背景下对数据进行解析，针对这一问题，我们开发了一系列的R包，解决于系统发育树相关文件的读写、数据整合、操作以及可视化等各个方面。

参考文献

  1. G Yu. Using ggtree to visualize data on tree-like structures. Current Protocols in Bioinformatics, 2020, 69:e96.

  2. LG Wang, TTY Lam, S Xu, Z Dai, L Zhou, T Feng, P Guo, CW Dunn, BR Jones, T Bradley, H Zhu, Y Guan, Y Jiang, G Yu*. treeio: an R package for phylogenetic tree input and output with richly annotated and associated data. Molecular Biology and Evolution. 2020, 37(2):599-603.

  3. G Yu, TTY Lam, H Zhu, Y Guan. Two methods for mapping and visualizing associated data on phylogeny using ggtree. Molecular Biology and Evolution. 2018, 35(2):3041-3043.

  4. G Yu, DK Smith, H Zhu, Y Guan, TTY Lam*. ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data. Methods in Ecology and Evolution. 2017, 8(1):28-36.

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