CGM第568期：基于泛基因组资源揭示茄子重要农艺性状相关的遗传变异
华南农业大学园艺学院 · 首聘教授
博士，华南农业大学园艺学院首聘教授。2015年获中国科学院遗传与发育生物学研究所博士学位，随后先后在美国德克萨斯大学奥斯汀分校、加州大学尔湾分校及德州农工大学从事博士后与科研工作。2023年入职华南农业大学园艺学院。主要研究方向为植物基因组学与园艺作物（茄科蔬菜）群体遗传学。以第一作者或通讯作者（含共同）在 The Plant Cell、Genome Research、Nature Communications、Molecular Biology and Evolution、Horticulture Research 等期刊发表论文10余篇，并以合作作者在 Science、Cell、Nature Genetics、PNAS、Genome Biology 等期刊发表论文10余篇。主持国家自然科学基金面上项目、广东省珠江人才计划青年学者、广东省自然科学基金面上等科研与人才项目。
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在 Bilibili 打开完整回放 ↗茄子（Solanum melongena L.）是全球重要的茄科作物，但与性状相关的基因组变异仍缺乏系统表征。在本研究中，我们对226份茄子材料开展群体基因组学分析，这些材料主要采自跨越东南亚与中国华南地区的一个重要驯化中心。结果显示，遗传关系与地理来源高度一致。我们利用长读长测序为11份代表性材料构建了染色体尺度的基因组组装，并整合6个已发表基因组，建立了泛基因组资源。基于该资源的关联分析鉴定到一段位于10号染色体、长度为12.4 Mb 的倒位，其群体分离频率为50.44%，并与果色显著相关，可能通过与 SmMYB1 的连锁搭车效应产生关联。我们还检测到与青枯病抗性相关的变异，包括 SmCYP82D47 中导致蛋白提前终止的无义突变，以及 SmEPS1 与 SmRoq1 同源基因的拷贝数变异。综上，本研究揭示了大型结构变异的演化规律及其表型影响，并为茄子遗传研究与育种提供了重要的基因组资源。
参考文献
- Qian You, Ze Peng, Zhiliang Li, Yaolan Jiang, Penglong Wan, Yahui Zhao, Wei Zhao, Songyuan Zhang, Hefen Cheng, Chengjie Chen, Zhou Heng, Ming Hu, Yongfeng Zhou, Brandon S. Gaut, Baojuan Sun, Tao Li, Yi Liao. Sub-pangenome analysis reveals structural variants associated with fruit color and bacterial wilt resistance in eggplant. Nature Communications. 2026;17(1):3075. DOI: 10.1038/s41467-026-69764-8
- Ming Hu, Penglong Wan, Chengjie Chen, Shuyuan Tang, Jiahao Chen, Liang Wang, Mahul Chakraborty, Yongfeng Zhou, Jinfeng Chen, Brandon S Gaut, J J Emerson, Yi Liao. Accurate, Scalable Structural Variant Genotyping in Complex Genomes at Population Scales. Molecular Biology and Evolution. 2025;42(8):msaf180. DOI: 10.1093/molbev/msaf180
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