基因组规模代谢模型与产物合成路径

CGM第559期:基因组规模的代谢模型指导大肠杆菌工程化从头合成菊酸

合成菊酸时,大肠杆菌的代谢流应如何重新分配?报告将全基因组尺度代谢模型与湿实验结合,定位分流节点并调整下游酶,展示计算预测如何帮助设计天然产物合成路线。
余江鹏
余江鹏

中国农科院深圳农业基因组研究所 · 在读博士

从事系统合成生物学微生物底盘构建、优化、链霉菌天然次级代谢产物解析与合成领域的研究,以第一作者在国际主流权威刊物Advanced science发表了高质量学术论文。

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随着多组学数据与系统生物学的深度整合,合成生物学正在从传统的“试错”模式向基于代谢建模的“理性设计”跨越。植物天然产物作为药物前体与绿色农药的宝库,其复杂结构与低丰度的特性长期制约着工业化应用,开发高效的异源生物合成平台迫在眉睫。本研究聚焦于植物源天然农药除虫菊酯,针对关键非典型单萜结构单元——菊酸的生物合成,将基因组尺度代谢模型(GEM)作为导航系统,解析并重构了大肠杆菌底盘代谢网络。通过 in silico 模拟精准锁定关键通量分流节点,对代谢流定向阻断,并结合模型预测对下游关键酶进行适配。应用“计算模拟-湿实验验证”的闭环策略,成功将菊酸产量大幅提升,展示了系统合成生物学在解锁高价值天然产物制造方面的巨大潜力。

原文研究示意图

原文研究示意图

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参考文献

  1. Jiangpeng Yu, Kelin Cheng, Shenyang Qu, Jie Wang, Xun Wang, Cheng Zhao, Wei Li. Genome‐scale Metabolic Modeling Guided Escherichia coli Engineering for De Novo Biosynthesis of Chrysanthemic Acid. Advanced Science. 2026;13(2):e12736. DOI: 10.1002/advs.202512736

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