CGM第540期:最全植物基因组数据库和高颜值免费在线可视化平台(IMP/ImageGP)
中国中医科学院 · 副研究员
博士,中国中医科学院副研究员,道地药材品质保障与资源持续利用全国重点实验室青年 PI。2009 年本科毕业于东北林业大学,2015 年硕博毕业于中国科学院遗传与发育生物学研究所,数据驱动的中药道地性形成和高品质生产研究开展:⑴ 中药大数据资源底座的持续建设;⑵ 中药大数据资源的智算整合挖掘。以及基于数据库联合开展①中药道地性形成分子机制研究;②高品质中药生产和鉴定;③中药合成生物学研究和中药新资源挖掘等,在Cell Stem Cell (封面文章),Nucleic Acids Research,Nature communications, Protein & Cell, iMeta等高水平杂志以第一或通讯作者发表文章十二篇,累积引用 4000 +次;开发在线绘图和分析平台 ImageGP、BIC、EVenn、植物整合基因组平台IMP (获中华中医药学会 2023 年年度十大学术进展之一),使用超 200 万人次,3 篇文章获评科睿唯安 ESI 高被引论文(Top 1%);运营有十六万人关注的微信公众号《生信宝典》,分享有1500 多篇生物信息分析原创文章、教程和视频,阅读播放千万次。联合创办iMeta期刊(影响因子:33.2),现为执行主编,致力于打造微生物和生物信息领域的国产高水平综合性杂志。
基因组测序和合成生物学的最新进展重新激发了人们对天然产物的兴趣。尽管有各种药用植物的基因组和转录组测序,但缺乏可公开访问的基因注释和表格格式的基因表达数据,这阻碍了它们的有效利用。为了解决这一紧迫问题,我们开发了IMP (Integrated Medicinal Plantomics)平台。IMP收录了1000+个高质量的基因组(我们对超过一半的缺少基因注释的物种基因组进行了重头注释)。通过集成的15个分析模块,用户可以简单地在IMP中研究基因的注释、序列、结构、功能、分布和表达。IMP将在加强对药用植物分子代谢途径的理解,从而推动合成生物学的进步,促进药物发现和药物生产的天然来源的探索方面发挥重要作用。
ImageGP 1/2可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵,就可以快速出图。同时 ImageGP 还支持火山图、富集分析泡泡图、主成分分析类图等 和 4 种微生物领域的功能预测和生物标志物鉴定分析,包括 FAPROTAX, BugBase, PICRUSt 和 LEFSe。在满足方便易用的同时, ImageGP 也提供了灵活性,可以设置常见参数、调整样式,输出发表质量的图。运营已有 8 年,使用用户超百万,引用过千次。
参考文献
- Tong Chen, Yong‐Xin Liu, Tao Chen, Mei Yang, Siqing Fan, Minglei Shi, Buqing Wei, Huijiao Lv, Wandi Cao, Chongming Wang, Jianzhou Cui, Jiwen Zhao, Yilai Han, Jiao Xi, Ziqiang Zheng, Luqi Huang. ImageGP 2 for enhanced data visualization and reproducible analysis in biomedical research. iMeta. 2024;3(5):e239. DOI: 10.1002/imt2.239
- Tong Chen, Mei Yang, Guanghong Cui, Jinfu Tang, Ye Shen, Juan Liu, Yuan Yuan, Juan Guo, Luqi Huang. IMP: bridging the gap for medicinal plant genomics. Nucleic Acids Research. 2024;52(D1):D1347-D1354. DOI: 10.1093/nar/gkad898
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