CGM第519期：PGCP:植物系统发育和比较基因组学综合数据库

随着基因组测序和组装技术的快速发展，已有数千个植物基因组被测序、组装和注释，这些基因组数据为植物基因组进化研究提供了丰富而宝贵的资源。然而，这些基因组通常分散在不同的数据库中，为高效的数据访问、整合和综合分析带来了障碍。现有的植物基因组数据库，例如Phytozome和 Ensembl Plants，虽然也为比较基因组学提供了数据资源，但它们的物种覆盖范围有限，通常仅涵盖少数类群代表性和模式植物的基因组。由于缺少一个储存和分析大量植物基因组的集中平台，因此开展大规模的比较研究极为不便，不仅阻碍了对植物基因组特征的识别，还限制了对植物基因的更广泛的进化和功能的探索。因此，当下迫切需要一个全面、用户友好且综合性强的数据库，用于汇集来自各种植物物种的高质量基因组数据。

为此，研究团队开发了植物系统发育和比较基因组学数据库（PGCP），通过系统收集来自已发表文献和公共数据库的植物基因组和严格的质控控制，最终得到719 个高质量植物基因组的组装和注释信息，共获得了26,600,642 个蛋白质编码基因。为了提高数据的一致性和可用性，研究团队对整个数据库的基因组注释进行了统一且标准化的重建。在对蛋白编码基因进行注释后，研究团队还集成了多种工具，旨在帮助研究人员探索整个植物界的植物系统发育、基因家族动态和功能基因组学。