CGM第515期：野生和栽培辣椒基因组与重要性状形成机制

辣椒（Capsicum spp.）是我国播种面积和产值最大的蔬菜作物之一。辣椒属包含30多个种，包括5个栽培种和众多野生种，遗传多样性丰富，但演化路线尚不明确。辣椒基因组多超过3Gb，约为番茄的四倍，基因组重复序列多。这些重复序列是否会影响其基因组演化和性状的形成？上述问题的解析将促进我们对辣椒种质资源的演化和利用、性状机制和种质创新等的研究。

本研究完成了11个辣椒基因组的高质量组装，其中2个基因组达到端粒无间隙水平。通过系统发育分析明确了辣椒属物种的演化关系，重建了辣椒属具有12对染色体的祖先核型。研究发现，不同辣椒基因组中转座子爆发事件的差异，不仅导致了大量的结构变异，促进了果实朝向、颜色等性状的多样性，还显著影响了调控元件的动态变化模式，为理解辣椒的基因表达调控变化提供了新视角。另外，研究还基于辣椒核心种质的深度重测序，构建了辣椒群体的单倍型图谱，发现了辣味、病毒抗性等性状相关单倍型片段的渐渗和分化。