CGM第495期：整合空间转录组与GWAS数据绘制人复杂性状细胞空间图谱

描绘疾病相关细胞的空间分布对于理解疾病病理学至关重要。在我们最近的工作中，我们开发了一种名为 gsMap 的方法，该方法通过整合空间转录组学（ST）数据和全基因组关联研究（GWAS），以空间分辨的方式将细胞映射到人类复杂性状（包括疾病）上。利用小鼠胚胎数据集，我们对 gsMap 进行了全面的基准测试，结果表明其假阳性率（FDR）控制良好，同时具备高效性和鲁棒性。我们将 gsMap 应用于多个大脑ST数据集，发现与精神分裂症相关的谷氨酸能神经元的空间分布更接近于认知性状，而非情绪相关性状（如抑郁症）。具体而言，与精神分裂症相关的谷氨酸能神经元主要分布在背侧海马附近，并表现出钙信号传导和调控基因的上调；而与抑郁症相关的谷氨酸能神经元则集中在深层内侧前额叶皮层附近，并表现出神经可塑性基因的上调。同时，我们发现深层内侧前额叶皮层显著富集（OR=16）了精神疾病药物靶点基因。