微生物组功能度量、单细胞标记与代谢活性预测
专题介绍
怎样更好地度量菌群功能差异、寻找细胞标记并推断代谢活动？本期将PhyloFunc、starTracer和iMetAct三种工具并置，围绕建模假设、性能评估和实际数据应用展开讨论。
专题背景
“科学进步依靠新技术、新发现和新思想，其重要顺序可能正是如此。”这句Sydney Brenner的名言指出了技术进步在推动科学突破中的重要性。本论坛将围绕“生物信息工具开发:历程与应用”这一主题，汇聚一线开发者，分享他们在开发尖端生物信息工具中的宝贵经验和多样化的应用场景。通过深入了解这些工具的原理和背后故事，生物学家们能够迅速将前沿技术应用到自己的研究中，
从而大幅提升工作效率。此外，论坛还致力于提升对开发人员在科研界重要角色的认知。对于早期开发者，通过论坛可以了解到不同开发人员的职业发展轨迹，为职业发展规划提供参考。
暂无回放
PhyloFunc：基于宏蛋白质组的微生态功能距离新度量
北京大学医学部 · 讲师
博士，加拿大渥太华大学访问学者。长期从事智能医学数据分析研究，并致力于推动人工智能与大数据分析在医学领域的应用，主要面向医学生开设相关课程。主持或参与多项国家级及省部级科研项目。目前以主编或副主编身份出版多本医学信息类教材，并以第一作者身份在Microbiome等杂志上发表多篇学术论文。
β-多样性是探讨微生物群落间差异的关键生态学指标，也是生态学和微生物组学研究中的核心议题之一。本研究提出了一项名为PhyloFunc的新型β-功能多样性度量方法，首次将微生物群落的进化关系纳入多组学功能距离的计算框架。通过引入进化关系对功能信息进行聚合，PhyloFunc能够突显样本间基于分类信息的功能差异，为功能性微生物生态学研究提供了全新的工具。我们分别通过小鼠和人类的肠道菌群实验数据验证了PhyloFunc在真实微生物组分析中效果，该“系统发育-功能距离”加权模型展现出高敏感性，并很好地捕捉微生物群落功能补偿效应。此外，我们还开发了基于Python的软件包phylofunc，用户可以根据自己构建的系统进化树，便捷地计算不同菌群间的功能距离，或者直接使用软件包内嵌的UHGG数据库构建的系统进化树进行计算，为阐释宿主-菌群共进化机制及精准调控微生物功能稳态提供了创新方法论工具。
已选择第 1 场：PhyloFunc：基于宏蛋白质组的微生态功能距离新度量，王路漫
评论（0）
登录后即可发表评论。
登录暂无评论，来发表第一条评论吧！