原文研究配图:CGM第466期:尼安德特人和现代人之间的基因交流

CGM第466期:尼安德特人和现代人之间的基因交流

现代人与尼安德特人的基因交流并非单向。报告介绍如何识别尼安德特人基因组中的现代人来源片段,进而重新估计祖源比例、群体规模和多次混合事件。
李黎明
李黎明

东南大学医学院 · 教授

2023年10月入职东南大学医学院,博士毕业于复旦大学生命科学学院,先后在美国华盛顿大学(西雅图)基因组科学系和普林斯顿大学刘易斯-西格勒综合基因组学研究所担任博士后。主要从事人类遗传学和群体遗传学研究,通过运用生物信息学和统计学方法分析大规模人类基因组数据,以研究包括人群遗传结构、人群混合和迁徙历史等人类微进化的相关问题,特别关注现代人和灭绝古人类的基因交流研究、人类表型的遗传学基础、遗传多态位点应用于法医学等,以第一/通讯作者身份在Science等国际知名期刊上发表SCI论文10余篇。

现代人的祖先与尼安德特人曾发生混合,研究者已开发多种方法来识别和解释当代人类基因组中的尼安德特人渐渗序列。尽管双方的基因交流是双向的,我们对进入尼安德特人基因组的人类序列的动态,以及这些序列如何影响尼安德特人群体历史推断,了解仍相对有限。本研究建立了一套方法框架,用于估计尼安德特人中的人类渐渗序列数量及其影响,并将其应用于2,000名人类和3名尼安德特人的全基因组序列。我们估计尼安德特人具有2.5%至3.7%的人类祖源,平均包含65 Mb的人类渐渗序列。我们还利用这些序列的特征,修订了当代人群中尼安德特人祖源的估计。进一步分析发现,在适当计入人类渐渗序列后,尼安德特人的群体规模显著小于以往认识。最后,研究识别出两次不同的人类向尼安德特人基因流入事件,凸显双方长期的混合历史。综上,人类演化历史中反复发生的基因交流,塑造了现代人与尼安德特人的生物学特征和基因组。

参考文献

  1. Liming Li, Troy J. Comi, Rob F. Bierman, Joshua M. Akey. Recurrent gene flow between Neanderthals and modern humans over the past 200,000 years. Science. 2024;385(6705):eadi1768. DOI: 10.1126/science.adi1768
  2. Lu Chen, Aaron B. Wolf, Wenqing Fu, Liming Li, Joshua M. Akey. Identifying and Interpreting Apparent Neanderthal Ancestry in African Individuals. Cell. 2020;180(4):677-687.e16. DOI: 10.1016/j.cell.2020.01.012

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