CGM第460期：基于单细胞转录组技术的细胞类型特异性RNA剪接
RNA 选择性剪接（alternative splicing）是初始mRNA（primary mRNA）向成熟mRNA（mature mRNA）转变的一项重要过程。通过选择性剪接，成熟的 mRNA 会呈现不同的异构体（isoform）。定量RNA 选择性剪接有利于帮助我们了解哪些选择性剪接事件会影响后续复杂疾病的发生。剪接数量性状位点（sQTL）是通过建构线性模型来去鉴定是否基因组中的单核苷酸多态性 (SNP) 与转录组中的某一剪接事件存在显著关系。
迄今为止，针对某些组织或器官的bulk-RNA测序已经被广泛应用于sQTL 鉴定，其中，最为著名的是针对 52 种身体组织的Genotype-Tissue Expression（GTEx）研究。然而，就sQTL鉴定而言，仍然有两个研究空白并未被弥补，第一点是针对细胞类型特异性sQTL 鉴定方面的研究仍然是缺失的，目前为止仅有针对于细胞类型特异性 eQTL 鉴定方面的研究；第二点是针对于亚洲人群的sQTL 鉴定是不足的，目前的sQTL 的研究主要关注于欧洲族群而非亚洲族群。
本次研究详细分析了来自474名不同亚洲族裔健康捐赠者的约一百万个外周血单个核细胞（PBMCs）中的细胞类型特异性、性别偏向和祖源偏向的可变剪接情况。通过分析21种外周血单核细胞亚型，共鉴定出48个性别偏向和1031个祖源偏向的差异剪接事件，10,874个编码蛋白基因的顺式sQTL（cis-sQTL）和703个lncRNAs的顺式sQTL，107个沿B细胞分化轨迹的动态剪接遗传效应顺式sQTL，以及607个反式sGenes（trans-sGenes）。这项研究建立了一个亚洲人群免疫细胞类型特异的sQTL图谱，强调了祖源多样性的重要性，为未来深入细胞层面理解复杂疾病中的剪接机制提供了指导。
参考文献
- Chi Tian, Yuntian Zhang, Yihan Tong, Kian Hong Kock, Donald Yuhui Sim, Fei Liu, Jiaqi Dong, Zhixuan Jing, Wenjing Wang, Junbin Gao, Le Min Tan, Kyung Yeon Han, Yoshihiko Tomofuji, Masahiro Nakano, Eliora Violain Buyamin, Radhika Sonthalia, Yoshinari Ando, Hiroaki Hatano, Kyuto Sonehara, Asian Immune Diversity Atlas Network, Varodom Charoensawan, Partha P. Majumder, Ponpan Matangkasombut, Piero Carninci, John C. Chambers, Manop Pithukpakorn, Bhoom Suktitipat, Kazuhiko Yamamoto, Deepa Rajagopalan, Nirmala Arul Rayan, Shvetha Sankaran, Juthamard Chantaraamporn, Ankita Chatterjee, Supratim Ghosh, Damita Jevapatarakul, Sarintip Nguantad, Sumanta Sarkar, Narita Thungsatianpun, Mai Abe, Seiko Furukawa, Gyo Inoue, Keiko Myouzen, Jin-Mi Oh, Akari Suzuki, Miki Kojima, Tsukasa Kouno, Jinyeong Lim, Arindam Maitra, Prasanna Nori Venkatesh, Quy Xiao Xuan Lin, Jonathan Moody, Xin Jin, Marie Loh, John Chambers, Chung-Chau Hon, Murim Choi, Jong-Eun Park, Kazuyoshi Ishigaki, Tomohisa Okamura, Keishi Fujio, Yukinori Okada, Woong-Yang Park, Jay W. Shin, Xavier Roca, Shyam Prabhakar, Boxiang Liu. Single-cell RNA sequencing of peripheral blood links cell-type-specific regulation of splicing to autoimmune and inflammatory diseases. Nature Genetics. 2024;56(12):2739-2752. DOI: 10.1038/s41588-024-02019-8
- Kian Hong Kock, Le Min Tan, Kyung Yeon Han, Yoshinari Ando, Damita Jevapatarakul, Ankita Chatterjee, Quy Xiao Xuan Lin, Eliora Violain Buyamin, Radhika Sonthalia, Deepa Rajagopalan, Yoshihiko Tomofuji, Shvetha Sankaran, Mi-So Park, Mai Abe, Juthamard Chantaraamporn, Seiko Furukawa, Supratim Ghosh, Gyo Inoue, Miki Kojima, Tsukasa Kouno, Jinyeong Lim, Keiko Myouzen, Sarintip Nguantad, Jin-Mi Oh, Nirmala Arul Rayan, Sumanta Sarkar, Akari Suzuki, Narita Thungsatianpun, Prasanna Nori Venkatesh, Jonathan Moody, Masahiro Nakano, Ziyue Chen, Chi Tian, Yuntian Zhang, Yihan Tong, Crystal T.Y. Tan, Anteneh Mehari Tizazu, SG10K_Health Consortium, Marie Loh, You Yi Hwang, Roger C Ho, Anis Larbi, Tze Pin Ng, Hong-Hee Won, Fred A. Wright, Alexandra-Chloé Villani, Jong-Eun Park, Murim Choi, Boxiang Liu, Arindam Maitra, Manop Pithukpakorn, Bhoom Suktitipat, Kazuyoshi Ishigaki, Yukinori Okada, Kazuhiko Yamamoto, Piero Carninci, John C. Chambers, Chung-Chau Hon, Ponpan Matangkasombut, Varodom Charoensawan, Partha P. Majumder, Jay W. Shin, Woong-Yang Park, Shyam Prabhakar. Single-cell analysis of human diversity in circulating immune cells. bioRxiv. 2024. DOI: 10.1101/2024.06.30.601119
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