CGM第394期：结构变异驱动甘蓝基因表达变异和多样化驯化
结构变异如何驱动甘蓝的基因表达差异与多样化驯化？报告以群体基因组和转录组解析 SV 的效应。
李幸
中国农业科学院蔬菜花卉研究所
中国农业科学院蔬菜花卉研究所在读博士生，本科毕业于山东农业大学，硕士毕业于中国农业科学院蔬菜花卉研究所，主要从事十字花科蔬菜基因组学研究。以第一/共同第一作者在Nature Genetics、Molecular Plant等期刊发表SCI学术论文6篇。
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在 Bilibili 打开完整回放 ↗甘蓝类蔬菜的形态变异十分丰富，如结球甘蓝由多层叶片包裹形成的叶球，青花菜、花椰菜茎顶端分化形成的巨大花球，抱子甘蓝腋芽分化形成的小叶球，苤蓝茎基部膨大形成的肉质球茎等。与其他作物相比，甘蓝类蔬菜具有形态类型快速多样化驯化的特征。本研究利用700余份甘蓝野生种和覆盖所有变种材料的重测序数据开展了系统发育研究，明确了众多甘蓝变种的两个独立驯化路线，据此选取了22个代表性野生甘蓝和变种材料，构建了包含不同变种类型的甘蓝泛基因组和图形基因组，发现结构变异是大量基因表达变化的重要调节因子，驱动了甘蓝变种形态类型多样的快速驯化。
参考文献
- Li Xing, Wang Yong, Cai Chengcheng, Ji Jialei, Han Fengqing, Zhang Lei, Chen Shumin, Zhang Lingkui, Yang Yinqing, Tang Qi, Bucher Johan, Wang Xuelin, Yang Limei, Zhuang Mu, Zhang Kang, Lv Honghao, Bonnema Guusje, Zhang Yangyong, Cheng Feng. Large-scale gene expression alterations introduced by structural variation drive morphotype diversification in Brassica oleracea. Nature Genetics. 2024;56(3):517-529. DOI: 10.1038/s41588-024-01655-4
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