CGM第391期：鼢鼠基因组结构变异与高海拔适应研究
高原鼢鼠如何适应低氧？报告从基因组结构变异出发，解析其高海拔适应的遗传基础。
安绚
兰州大学生态学院
兰州大学生态学院博士研究生，导师为李克欣教授，研究方向为动物生态学。主要通过分子生物学和基因组学等手段探究高原鼢鼠的低氧适应机制，相关成果以第一作者在Nature Ecology & Evolution期刊上发表。
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在 Bilibili 打开完整回放 ↗鼢鼠是起源于低海拔的地下啮齿动物，高原鼢鼠（Eospalax baileyi）生活在海拔2800～4600 m的地下洞穴中，同时面临洞道内低氧和高海拔低压低氧的极端环境。雨水较多的季节，海平面鼢鼠洞道内O2含量低至7.2%。凸颅鼢鼠属物种系统发育关系明确，成种动力清晰，因此，不同海拔分布的鼢鼠为研究低氧适应提供了良好的模型。本研究中采用长读长测序方法组装高原鼢鼠染色体水平基因组，结合基因组和重测序数据（包括长读长和短读长）获得高质量凸颅鼢鼠属结构变异数据集。在高原鼢鼠中鉴定到可能与低氧适应相关的候选结构变异，通过转录组测序和双荧光素酶报告实验验证结构变异对缺氧相关基因表达的影响。此外，高原鼢鼠基因组中的染色体重排可能影响染色质的三维结构，从而帮助高原鼢鼠适应低氧环境。
参考文献
- An Xuan, Mao Leyan, Wang Yinjia, Xu Qinqin, Liu Xi, Zhang Shangzhe, Qiao Zhenglei, Li Bowen, Li Fang, Kuang Zhuoran, Wan Na, Liang Xiaolong, Duan Qijiao, Feng Zhilong, Yang Xiaojie, Liu Sanyuan, Nevo Eviatar, Liu Jianquan, Storz Jay F., Li Kexin. Genomic structural variation is associated with hypoxia adaptation in high-altitude zokors. Nature Ecology & Evolution. 2024;8(2):339-351. DOI: 10.1038/s41559-023-02275-7
- Liu Xi, Zhang Shangzhe, Cai Zhenyuan, Kuang Zhuoran, Wan Na, Wang Yinjia, Mao Leyan, An Xuan, Li Fang, Feng Tuo, Liang Xiaolong, Qiao Zhenglei, Nevo Eviatar, Li Kexin. Genomic insights into zokors’ phylogeny and speciation in China. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2022;119(19):e2121819119. DOI: 10.1073/pnas.2121819119
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