CGM第234期：单细胞核转录本测序揭示大脑中复杂外显子连接谱
冷冻脑组织中的单细胞核数据，怎样揭示完整的转录本连接关系？报告介绍 SnISOr-Seq，并讨论不同细胞类型中外显子组合及其演化线索。
单细胞核RNA测序技术已广泛应用于不同物种的不同组织器官的单细胞研究，其不依赖于活细胞的特性对于冷冻保存以及难以分离出单细胞的样品显得尤为重要。然而与单细胞测序技术相比，其转录组中所含有的大量未剪切以及缺少barcode的cDNA分子序列会对于剪切异构体（isoform）研究产生不可忽略的影响。为了解决上述问题，我们通过结合目标性扩增包含有barcode的cDNA序列、外显子组富集以及高通量长片段测序技术，开发了可显著提高对于目标cDNA分子测序效率的SnISOr-Seq 技术，用于单细胞RNA 测序的剪切异构体水平定量。同时，我们将SnISOr-Seq 技术应用于冻存的人类额叶皮层样品，发现包含有与孤独症相关的外显子的剪切变体，其存在的频率在不同细胞类型中有着显著差异，其表现形式为exon-TSS，exon-polyA-sites，以及非邻近exon-exon之间的不同组合模式。此外，我们还发现人类特有的外显子通常会以组合形式出现在剪切异构体中，这也意味着其协同关系在进化过程中是快速建立并得以保留的。
参考文献
- Simon A Hardwick, Wen Hu, Anoushka Joglekar, Li Fan, Paul G Collier, Careen Foord, Jennifer Balacco, Samantha Lanjewar, Maureen McGuirk Sampson, Frank Koopmans, Andrey D Prjibelski, Alla Mikheenko, Natan Belchikov, Julien Jarroux, Anne Bergstrom Lucas, Miklós Palkovits, Wenjie Luo, Teresa A Milner, Lishomwa C Ndhlovu, August B Smit, John Q Trojanowski, Virginia M Y Lee, Olivier Fedrigo, Steven A Sloan, Dóra Tombácz, M Elizabeth Ross, Erich Jarvis, Zsolt Boldogkői, Li Gan, Hagen U Tilgner. Single-nuclei isoform RNA sequencing unlocks barcoded exon connectivity in frozen brain tissue. Nature biotechnology. 2022;40(7):1082-1092. DOI: 10.1038/s41587-022-01231-3
- Anoushka Joglekar, Andrey Prjibelski, Ahmed Mahfouz, Paul Collier, Susan Lin, Anna Katharina Schlusche, Jordan Marrocco, Stephen R Williams, Bettina Haase, Ashley Hayes, Jennifer G Chew, Neil I Weisenfeld, Man Ying Wong, Alexander N Stein, Simon A Hardwick, Toby Hunt, Qi Wang, Christoph Dieterich, Zachary Bent, Olivier Fedrigo, Steven A Sloan, Davide Risso, Erich D Jarvis, Paul Flicek, Wenjie Luo, Geoffrey S Pitt, Adam Frankish, August B Smit, M Elizabeth Ross, Hagen U Tilgner. A spatially resolved brain region- and cell type-specific isoform atlas of the postnatal mouse brain. Nature communications. 2021;12(1):463. DOI: 10.1038/s41467-020-20343-5
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