CGM 第148期：多尺度染色质亚区室的系统推断与比较——空间组织与细胞表型的关联
（Yuanlong LIU），2010-2013：中国科学技术大学，概率论与数理统计，理学硕士；2013-2017：法国国家医学健康研究院（巴黎七大），计算基因组学 PhD，导师 Prof. Florence Dememais；2018-至今：计算基因组学 Postdoc, 导师 Prof. Giovanni Ciriello （瑞士洛桑大学)， Prof. Elisa Oricchio (瑞士洛桑联邦理工学院)
Calder 是一种用于高通量 Hi-C 数据分析的工具，可在不同数据分辨率下识别并比较多尺度染色质亚区室。
研究内容
高通量染色体构象捕获技术（Hi-C）能够高分辨率观测染色体的三维折叠方式。传统 Hi-C 分析通常只把染色体划分为活跃和不活跃区室；面对 DNA 结构变异较多或数据质量较低的样本时，这种划分不够精细。
Liu 等人设计了快速高效的 Calder 分析方法，可将染色体进一步划分为更细的亚区室。研究团队将该方法应用于 114 个细胞系的 Hi-C 数据，发现细胞之间细微的区室变化与一系列 DNA 特性变化相关，并伴随细胞谱系分化和肿瘤转化过程中的空间重定位。
参考文献
Rao, S. S., Huntley, M. H., Durand, N. C., Stamenova, E. K., Bochkov, I. D., Robinson, J. T., … & Aiden, E. L. (2014). A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell, 159(7), 1665-1680.
Xiong, K., & Ma, J. (2019). Revealing Hi-C subcompartments by imputing inter-chromosomal chromatin interactions. Nature communications, 10(1), 1-12.
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