CGM 第143期: 高速高效全基因组关联分析软件BLINK
博士, 目前在University of Colorado Boulder 任职 Research Associate，从事人类遗传及统计遗传学方面的研究。黄博士在西北农林科技大学动物科技学院获得学士、硕士和博士学位。毕业后在Washington State University从事博士后研究，开发了BLINK软件，该软件已被WSU商业化，用于大型数据的GWAS分析。
活动回放
GAPIT作为一款基于R语言的GWAS软件，在多个领域，尤其是动植物育种行业，收获了众多的用户。FarmCPU是GAPIT工具箱中的最新的模型，具有统计效力高，速度快的特点。BLINK作为FarmCPU的C语言升级版，对关联位点具有更灵敏的探测能力，而且具备分析超大型数据集的能力，可以使用CPU和GPU进行异构运算。本报告主要介绍FarmCPU和BLINK的模型、原理、实际表现以及使用方法。
参考文献
Meng Huang, Xiaolei Liu, Yao Zhou, Ryan M. Summers, Zhiwu Zhang. BLINK: A Package for Next Level of Genome Wide Association Studies with Both Individuals and Markers in Millions. GigaScience, 2019, 8(2).
Xiaolei Liu, Meng Huang, Bin Fan, Edward S. Buckler, and Zhiwu Zhang. Iterative Usage of Fixed and Random Effect Models for Powerful and Efficient Genome-Wide Association Studies. Plos Genetics, 2016, 12: e1005767.
评论（0）
登录后即可发表评论。
登录暂无评论，来发表第一条评论吧！