CGM 第125期：重建动物和真菌的生命树
动物最早的分支为何仍有争议？报告通过统一分析比较已有证据，并以大规模真菌基因组建树，讨论数据、模型与分类体系之间的关系。
李远宁
美国范德堡大学生物系Antonis Rokas实验室 · 博士后
2017年在Ken Halanych教授指导下获得美国奥本大学博士学位。2018年至2019年在美国耶鲁大学Casey Dunn教授实验室进行博士后研究。通过结合计算生物学和动物和真菌的大规模数据，开展大尺度系统发育，比较基因组和生物信息学研究。
活动回放
重建早期动物的系统进化关系是进化生物学研究的热点和难点问题之一。这一难题对我们理解动物进化的早期事件（包括神经系统的起源）具有重要意义。一些研究支持海绵动物，另一些研究支持栉水母动物为最早的动物进化分支。这些分析在很多方面都有所不同，包括所基因和物种的选择，分子进化模型和软件的不同。在这里，我们通过综合15项以前的研究的数据和结果，并进行一套全面的新的标准化分析，系统地探索了动物生命树的最早进化分支。另一方面我们通过分析1644个真菌基因组，重建了基于基因组水平的真菌生命树，并揭示了系统发育与现阶段真菌分类学之间的关系以及差异性。
参考文献
- Yuanning Li, Xing-Xing Shen, Benjamin Evans, Casey W Dunn, Antonis Rokas. Rooting the Animal Tree of Life. Molecular biology and evolution. 2021;38(10):4322-4333. DOI: 10.1093/molbev/msab170
- Yuanning Li, Jacob L Steenwyk, Ying Chang, Yan Wang, Timothy Y James, Jason E Stajich, Joseph W Spatafora, Marizeth Groenewald, Casey W Dunn, Chris Todd Hittinger, Xing-Xing Shen, Antonis Rokas. A genome-scale phylogeny of the kingdom Fungi. Current biology : CB. 2021;31(8):1653-1665.e5. DOI: 10.1016/j.cub.2021.01.074
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