CGM 第101期：光学图谱在基因组学中的应用
光学图谱能为序列信息补充什么？报告介绍它在辅助组装、识别大尺度结构变化和区分菌株中的应用，帮助判断研究中何时需要这类数据。
袁玉轩
香港中文大学 · 博士后
2014年硕士毕业于澳洲昆士兰大学，2019年博士毕业于澳洲西澳大学，师从David Edwards教授。主要研究方向为运用最新DNA测序技术及光学图谱信息，对油菜，小麦，大豆及三叶草进行基因组组装，并进行基因组结构变异挖掘。同时参与了油菜及大豆泛基因组等研究项目。以第一作者身份在 Trends in Biotechnology ， Bioinformatics ， BMC Bioinformatics 以及 Frontiers in Plant Science 发表论文8篇，其中光学图谱相关研究文章3篇。
活动回放
光学图谱作为DNA测序技术的一个重要补充，在基因组学中发挥重要的作用。在近30年的发展过程中，光学图谱已被应用到微生物以及高等动、植物的基因组研究中。大体上，光学图谱多应用于基因组组装，大范围结构变异挖掘以及菌株区分。随着技术的进一步发展，以及算法的不断提升，光学图谱的应用仍具有重要前景。在此次报告中，我将与大家分享如何利用光学图谱来提升基因组学相关研究吧。
参考文献
- Yuxuan Yuan, Philipp E Bayer, Huey-Tyng Lee, David Edwards. runBNG: a software package for BioNano genomic analysis on the command line. Bioinformatics (Oxford, England). 2017;33(19):3107-3109. DOI: 10.1093/bioinformatics/btx366
- Yuxuan Yuan, Philipp E Bayer, Armin Scheben, Chon-Kit Kenneth Chan, David Edwards. BioNanoAnalyst: a visualisation tool to assess genome assembly quality using BioNano data. BMC bioinformatics. 2017;18(1):323. DOI: 10.1186/s12859-017-1735-4
- Yuxuan Yuan, Zbyněk Milec, Philipp E Bayer, Jan Vrána, Jaroslav Doležel, David Edwards, William Erskine, Parwinder Kaur. Large-Scale Structural Variation Detection in Subterranean Clover Subtypes Using Optical Mapping. Frontiers in plant science. 2018;9:971. DOI: 10.3389/fpls.2018.00971
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